Les notes de renseignement se suivent et ne se ressemblent pas. Mais elles ont un point commun : L'Algérie, les fellagas, les indépendantistes, les blessés de Tlemcen. « Il s'attache à faire de Loustau un centre hospitalier exclusivement marocain, où pourraient être soignés et traités les rebelles blessés en Algérie », dit l'une des notes envoyées vers les autorités françaises.
Beaucoup d'autres changements ont eu lieu après l'arrivée du Dr Tonellot à la tête de cette structure hospitalière, notamment la mise en minorité du personnel français et même le nombre de malades européens qui a baissé en quelques mois de 90%. Mais ce n'est pas vraiment les raisons qui ont poussé le gouvernement français à prendre la décision ultime : celle de faire tuer le Dr Louis Tonellot.
C'est clairement lié aux soins apportés aux combattants algériens en lutte contre la France pour l'indépendance de leur pays. "Ils accueillent des individus en lutte ouverte contre les autorités françaises en Algérie […] et grâce à des diagnostics volontairement erronés, font admettre les rebelles blessés à l'hôpital Loustau », dit une autre note de renseignement déclassée des archives françaises.
Les médecins de l'hôpital Loustau n'ignoraient pas le caractère illicite de leur activité :
